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水是万物之源，水质的好坏对人们的健康有直接影响。水中的菌落总数与水体有机污染程度呈正相关，因此菌落总数常作为评价水体污染程度的一个重要指标。
水中菌落总数可以作为评价水质清洁程度和考核净化效果的指标。水中细菌总数与水体受有机物污染的程度成正相关,常作为评价水体污染程度的一个重要指标。一般未受污染的水体细菌数量很少,如果细菌总数增多,表示水体可能受到有机物的污染,细菌总数越多，污染愈严重。饮用水检测标准规定每1ml生活饮用水中菌落总数不能超过100CFU。
传统的平皿计数法在水中菌落总数检测过程中面临着多种挑战，例如：对于环境和人员操作要求非常严格，前期准备时间长，需要配制培养基，测试结果因菌落较小或出现菌落蔓延导致结果计数偏差且不易观察等。
2023年10月1日正式实施的GB/T 5750.12-2023中针对水中菌落总数检测新增加了酶底物检测方法，相较于传统平皿计数法中存在的痛点，酶底物法在检测结果准确性、使用便捷性以及环境和人员操作要求等方面，都有大幅度改善。
酶底物法检测试剂使用基于复合酶底物技术（Multiple Enzyme Technology）的培养基，培养基中含有多种酶底物，能够被微生物生长过程中产生的酶水解。在36℃±1℃条件下培养48h后可释放荧光物质4-甲基伞形酮（4-MU），其在366 nm紫外灯照射下可发出蓝色荧光，配合84孔定量盘使用，对呈现蓝色荧光的培养盘孔槽，进行计数并对比MPN表，即可确定原始水样中最可能的菌落总数。
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